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11 mai 2020

L’université de Reims recherche des molécules contre le Covid19

Le chimiste Jean-Hugues Renault utilise l’intelligence artificielle pour trouver une nouvelle molécule capable de neutraliser le coronavirus. Le supercalculateur Romeo de la faculté des sciences de Reims est notamment mis à contribution.

Romeo, supercalculteur de l’université de Reims Champagne-Ardenne (Urca), s’apprête à tourner à plein régime contre le coronavirus. Il participe au programme HT-Covid initié par l’institut de chimie moléculaire de la faculté des sciences de Reims (ICMR). Le programme a été retenu par le CNRS pour participer à la lutte contre le Covid19.

« Il y a trois moyens de lutter contre un virus : fabriquer un vaccin, trouver un médicament efficace dans la pharmacopée existante ou découvrir une nouvelle molécule capable de neutraliser le virus. Nous travaillons sur ce dernier moyen », explique Jean-Hugues Renault, chercheur responsable de l’ICMR et rédacteur du projet.

Pour trouver une nouvelle molécule capable de contrer un virus, il faut la tester. « On peut tester en vrai, c’est-à-dire dans un laboratoire de chimie ou de biologie. Cette méthode est lente. Même si les laboratoires sont équipés de robots, ils ne peuvent pas tester des milliers de molécules par jour. On peut aussi tester la molécule à l’aide d’un ordinateur. C’est ce que nous faisons », poursuit le chercheur.

Ce projet a la particularité d’avoir mobilisé d’autres équipes et d’autres surpercalculateurs en France. « J’ai écrit le dossier en quatre jours et quatre nuits, le CNRS nous a soutenu, le Grand Est a décidé de financer et tout le monde a répondu présents pour collaborer. C’est assez exceptionnel ».

C’est ainsi qu’une équipe de Strasbourg agit sur un mode un peu différent. « Ils font la même chose en travaillant avec des molécules qui n’existent pas encore. Elles sont fabriquées par l’ordinateur mais pas n’importe comment. L’ordinateur est programmé pour ne fabriquer que des molécules réalisables. Il ne servirait à rien de trouver quelque chose d’efficace qu’on n’arriverait pas à fabriquer ». L’équipe strasbourgeoise a fabriqué 1,5 milliard de molécules à tester. « Eux ne testent que sur une seule cible stratégique du Covid19 ». Ils utilisent pour cela un grand frère de Romeo, à savoir le supercalculateur Cines de Montpellier.

Les deux équipes, à Reims et Strasbourg, devraient tirer de ces calculs plusieurs molécules capables de s’accrocher au virus. « Strasbourg pourrait en tirer 500 et nous une centaine ». C’est alors une équipe de Marseille qui prendra le relais pour observer, en laboratoire, l’action des molécules sélectionnées. Partenaire du projet, le CHU de Reims, et notamment le service du virologue Laurent Andreolotti, va également tester certaines molécules directement sur le virus (sur des prélèvements, pas sur des patients).

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